故事圍繞著日本列島展開。 小笠原群島北部一個七十米高的小島一夜之間沉入海底。負責調查工作的地球物理學權威田所博士與深海潛水艇駕駛 員小野寺俊夫潛入海底,在七千米深的日本海溝發現了大規模的異常現象。與此同時,日本列島上也發生了新幹線工 程被迫停工、高速公路大橋垮塌等事故,各地火山活動頻繁、地震不斷。為此,日本政府秘密召開了專家聽證會,會 上田所發出了日本即將沉沒的警報。將信將疑的政府部門立即制定了應付緊急狀態的D-1計劃,展開了絕密調查 。隨著調查的深入以及京都大地震和東京大地震的發生,日本面臨沉沒的事實越來越明朗化,日本政府不得 不在D-1計劃的基礎上制定了旨在拯救日本民族的D-2計劃。當日本沉沒的消息公開時,國際社會立即展開了 救援活動,同時,打探日本沉沒後遠東局勢的情報活動也開始了。 日本列島沉沒了。流離失所的日本人開始了歷史性的流浪生活。