無論馬新貽被刺案有何重大背景來歷，案發後的審訊調查過程和結局卻充分彰顯了中央皇權日益衰弱、政令不及地方的無可奈何。從始至終，刺馬案的本質不過是清朝中央集權和地方軍事集團的較量，而最後還是以清廷的公開退讓而告終。