二 案情分析嚴重簡單化
宋案系由宋教仁被刺而引發，因此，對宋案謎團的破解，從一開始就被吸引到了“誰是主謀”這樣一個問題上。雇用武士英槍殺宋教仁的應夔丞（即應桂馨）剛一被捕，便有人懷疑其背後有主使之人，謂：“應桂馨與宋先生既無私仇，又非公敵，宋先生有何不利於應？應有何利於宋先生死？即質之應桂馨而亦不能強言為有也。則應桂馨之外，必更有一人焉，為應桂馨之主動可知。”[2]又謂：
應夔丞與宋漁父生平無握手交，無半面緣，何仇？何怨？應也，宋也，誠風馬牛不相及也。胡為乎應乃擲重金、買死士，必得宋而甘心焉？由斯言之，買武士英者，應夔丞也，而買應夔丞者，伊何人乎？[3]
隨著應宅所獲大量函電文件內容逐漸披露，內務部秘書洪述祖與應夔丞的詭秘關系曝光於天下。但輿論並不認為洪述祖就是最後的主使人，而是進一步提出洪述祖背後可能還有主使之人，理由是：
彼洪述祖，一卑鄙齷齪之小人，與大政治家宋先生固亦風馬牛不相及，宋先生之死生，與彼實了無絲毫之關系，洪又胡為乎必死宋先生而後快也？然則，嗾武者為應，嗾應者為洪，而嗾洪者必更有人在也。[4]
由於洪述祖為趙秉鈞之秘書，搜獲文件中又有趙、應之間往來函電及趙送應之密碼電本一冊，因此，輿論很快將矛頭指向趙秉鈞。而趙又被認為是袁世凱的心腹，於是，袁世凱亦被牽入案中。在國民黨方面看來，案情是很清楚的，因此，其機關報《民立報》在1913年4月27日刊登44件證據時，於所加按語中明確指出：
宋先生之死，袁、趙死之，非洪、應與武死之也。
洪、應二犯僅一器械，武士英更器械之器械，而真正之〈人〉主動（人），乃袁世凱、趙秉鈞也。[5]
這可以說是國民黨方面對於宋案的正式研究結論。然而，趙秉鈞卻不認同這一結論，他於4月28日發表自辯“勘電”，稱“去宋之動機起於應之自動，而非別有主動之人”，“中央政府於宋案無涉”。[6]袁世凱同日也發出“勘電”，明確給趙秉鈞以支持。[7]
兩種截然不同的解釋，刺激著後來的宋案研究者，以至於絕大多數研究者均把尋找刺宋主謀作為最主要的方向，卻一直無法得出令人信服的結論。其中較早一些的著作和那些深受革命史觀影響的著者，大多毫無保留地接受國民黨方面的研究結論，只不過文字表述略有差異而已。如前述谷鐘秀、馬震東、鄒魯、陳功甫、魏野疇、孟世傑、李劍農、吳玉章、陳志讓、吳相湘、郭廷以、胡繩、黎澍、陶菊隱、丁中江、胡繩武、方祖燊、李新、陳旭麓、何澤福、李宗一、李守孔、李雲漢、徐中約、李侃、金沖及、張憲文、張玉法、朱漢國、來新夏、唐寶林、鄭師渠、張海鵬、朱宗震、侯宜傑等人所著或主編之書，[8]以及沈雲龍、王涵、何澤福、饒懷民、劉大年、朱懷遠、袁偉時等人所撰文章，[9]均將袁、趙視為幕後主使。日本學者萱野長知、片倉芳和、松本英紀、菊池秀明、渡辺竜策、樋泉克夫，以及美國學者歐內斯特·P﹒揚、史扶鄰等人論著，還有劉吉祥（國籍不詳）的英文著作，也都持同樣看法。[10]
唐德剛實質上也認為袁、趙是幕後主使，只不過他又對二人在殺宋心態及背後考量上的差別進行了區別分析，他說：
1913年初春，在宋氏旅行講演鋒頭正健之時，袁即連電召宋來京磋商要政。袁的本意或許就是試“重用之”，不成，再“除之”。可是內閣總理趙秉鈞對這個最大的政敵，就是欲先除之而後快。他或許得了袁的必不得已時就“除之”的默許，迫不及待地便悍然提早“除之”了。殺宋之後，風波鬧大了，袁可能認為趙之悍然殺宋，為的只是保持相位的一己私利，而攪亂袁對整個大局的布置。趙之殺宋，不是體諒領袖苦心，而是投機取巧，為保持自己總理的位置，不顧主子的困難，而悍然為之，這就不能饒恕了。因此後來趙也就不得好死了。[11]
另外一些研究者則或多或少受到趙秉鈞自我辯解的影響，而又加以個人的判斷，傾向於懷疑或否認袁、趙為幕後主使。如廖大偉認為：“從袁世凱的一貫信仰和當時的身份、地位，從宋教仁對袁世凱構成的威脅程度，從在上海行刺的困難程度，特別是對‘主謀說’原證據的逐條解讀考析，我們認為對袁世凱的傳統指認是缺乏真實依據的，是不符合事實的，袁世凱不是‘刺宋’主謀，沒有主觀故意的痕跡。”[12]他認為刺宋乃應夔丞所為，並上升到共進會刺殺宋教仁的高度來解釋；而洪述祖則充當了鼓動、縱容應桂馨的角色。[13]但奇怪的是，他對於宋案關鍵人物之一趙秉鈞完全缺而不論，實際上留下很大漏洞。張永則認為：“根據具體證據，刺宋是會黨頭目應夔丞主動提出並策劃的，受到洪述祖的推動，袁世凱、趙秉鈞是否知情只能存疑。”[14]侯宜傑最初認為，“暗殺宋教仁的主謀者不是別人，正是堂堂的臨時大總統袁世凱和國務總理趙秉鈞”，但近來一改前說，認為“研究宋教仁被刺案，要堅持疑罪從無、無罪推定的原則。缺乏確鑿證據，就不能認為趙秉鈞或袁世0凱是刺殺宋教仁的主謀”。[15]馬勇最初認為袁世凱“不擇手段地加害於宋教仁，終於釀成民國史上的第一大血案”，但近年也一改前說，認為“這個說法是不對的”，“因宋教仁所要競選的議會多數，目標只是內閣總理，與袁世凱的大總統地位毫無關聯”，“將宋案的責任推給袁世凱是非常表面的看法，根本不知道宋教仁與袁世凱之間的真實關系，不知道袁世凱是多麽欣賞宋教仁的才華”，“按照當年法院的判決，宋教仁之死追查到內閣總理趙秉鈞，大體上是可信的”。[16]張華騰同樣進行了自我否定，認為從常理言，“刺殺宋教仁破壞了袁世凱自己在民初極力樹立的‘合法性’形象，不符合政治家袁世凱的切身利益”；從當時局勢看，“袁世凱並不懼怕宋教仁成立內閣，更不會不計較得失地使用暗殺手段”；從法理上看，“尚未有直接證據證明袁世凱為刺殺宋教仁的主使”。他更傾向於認為“宋教仁為陳其美主謀所殺”。[17]