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　　因為箱根地方挖出一個埋在山裏的書庫，內有大量古書待沽，京極堂受了委托前往探查，除了其妻千鶴子隨行之外，也邀請小說家夫婦關口巽及雪繪同往。到達旅店之後，京極堂一個勁兒地投入古書考察工作，妻子們出外觀光，關口一個人在旅店裏悶得發慌，找來按摩師放松筋骨時，聽聞按摩師在山徑遇上的怪事，接著，住在仙石樓的鳥口忽然出現在關口眼前，表示因為殺人事件，所以偵探復木津禮二郎被找來偵辦，敦子深怕這個怪人弄出亂子，所以請鳥口來找比較可能制得了他的京極堂到仙石樓去支援。熟悉的人物一個接一個登場，但連續殺人事件才剛剛開始。

　　在庭園裏發現屍體的眾人不但被當成案件關系人，還被視為嫌疑犯；但當一行人與警方進入傳說中的明慧寺後，屍體再度出現--每個死去的僧人都被棍棒擊斃，但不知何故，屍體棄置之處都透著難解的怪異。大家一團忙亂之際，京極堂終於出現，卻不打算協助眾人解謎，反倒想要早早完成工作回家去。究竟與世隔絕的禪寺中有什麽秘密?僧侶被殺的原因為何?棄屍現場為何要擺出某種場景?兇手，又是誰呢?閱讀《鐵鼠之檻》的樂趣，有好幾個層次。

　　第一是這個故事裏出現了幾位本系列首作《姑獲鳥之夏》中的事件關系人，隔了幾本書再見到他們，令人有種熟悉的愉快；再者是因為故事的主要場景是山中禪寺，在調查案件之時也會涉及禪僧平日作息狀況及修行內容，於是我們可以讀到各式各樣有趣的禪門公案及對於禪的闡釋。《維摩詰經》裏頭論辯雙方講話都高來高去，有時看了會一頭霧水，但《鐵鼠之檻》裏禪僧們必須對刑警等世俗之人解說禪意，是故說法毫不艱澀，讀來興味盎然，在偵辦案件的過程中，也會對佛教如何從印度傳至中土、再從中國傳人日本的歷史樣貌，勾勒出清楚的輪廓。

　　更精彩的是，在《鐵鼠之檻》中，京極堂重新闡明了自己對玄怪、宗教以及科學的看法。

　　其實在《姑獲鳥之夏》、《魍魎之匣》及《狂骨之夢》中，京極堂已經將自己對這些物事的觀點做了交代：他在《魍魎之匣》裏分析了超能力者、靈媒、宗教家等人的不同，在《狂骨之夢》中提及以性愛為體、極具爭議性的真言立川流，而他的名言"世界上沒有不可思議的事"，不但從首作《姑獲鳥之夏》起就被一再提及，我們更會從許多言談中發現，京極堂似乎是一個以"科學"為最高指導原則的人。

　　不過，京極堂既是神社主人加陰陽師，還很喜歡搜集玄怪傳奇，這，豈不相悖?

　　在本作當中，京極堂精確地說明，"玄怪也自成體系，正是用來解釋無法解釋之事"、"硬以科學的方法去解釋玄幻，其實是徒具型式的偽科學罷了"；而京極堂"除去附身之物"的陰陽師工作，正是以言語文字的力量，破除由人心而生的迷障。在京極堂數次與禪僧接觸的對談中則再三強調，雙方應答的內容聽起來雖然禪味十足，但那只是因為自己讀過典籍熟記公案之故，自己既無宗教信仰亦未潛心修行，不能算是真懂--從這些部分，我們能夠明白，京極堂討厭偽科學和超能力，但對於玄怪的喜好其來有自，對修行及悟道也保持著一定的尊敬，我們之所以覺得奇怪。只是因為我們不辨根本，把這些事情全都混為一談。

　　雖是一心追求悟道，但在《鐵鼠之檻》當中推動情節的，其實全是私欲人性。

　　因人心而生妖魅，這主題原是京極夏彥的創作特色之一，但前三作中的妖鬼，全生於凡俗世人的心裏，或許被三流的八卦雜志傳為怪譚，或許被別有用心的宗教騙子誇大扭曲；這回的案件發生在禪寺當中，潛心向道的僧眾，難道也會為心魔所擾?作為事件舞台的明慧寺隱蔽於山林之間，幾乎不與外界接觸，是個連京極堂都不知道的神秘寺院，獨立於塵囂之外，豈不正是摒除心魔的最佳場地?其實不然。

　　宗派教義要能夠廣為流傳、助人悟道，要嘛就得深入市井，否則就得與政治勢力結合；故事中的明慧寺地位特殊，更易引起各流派之間的明爭暗鬥、權力傾軋。況且，未能悟道之前，僧眾都只是一心向佛的凡人，照樣有喜怒哀懼、貪嗔癡憎。遺世獨立的禪寺、各懷欲念的僧侶，當對於某些目標的偏執、以及信仰成為宗教後不得不設法於世俗當中存活的手段及爭鬥，在《鐵鼠之檻》當中--浮出水面時，便凝成與"悟"漸行漸遠的謎團。我們閱讀連續殺人事件、思考這些謎團的個中始末因由，正仿若一頭栽進數千則禪門公案中的僧侶，愈是思索，離真相就愈是遙遠。京極堂最後還是出動了。