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1945年10月8日，增田知貞從哈爾濱回到東京。審訊取得了很大的進展，開始摸到部隊的核心部分。之所以這樣說，是因為增田是石井四郎的心腹，如果日本沒有戰敗的話，繼石井、北野之後，他會成為731部隊的第三代部隊長，是一個了不起的幹部。10月9日，增田在接受桑德斯審訊時交代說，“在731部隊秘密地進行細菌戰的研究”，“研究攻擊性細菌戰的部門為了保密，相互之間是不能進行協作的”。從增田的經歷來看，在軍醫學校任教官（1931-1932年，1941-1943年）和在731部隊（1937-1939年，1945年4月至戰爭結束）工作，是交叉在一起的，說明平房的部隊和東京的軍醫學校之間有著極為密切的關系。由於增田患急性瘧疾，使第一次審訊陷於中斷。三天以後的10月11日和16日又進行了審訊。增田本人吹牛說：“只有石井和我，才了解有關細菌戰活動的全貌。”（10月8日）增田的口供成了“桑德斯報告”的核心。也就是說，他詳細地供述了在平房用於實驗的病原體種類、培養基、大量生產的方法、生存能力的研究、水井汙染、動物實驗、細菌噴霧（煙霧劑）、從飛機上直接撒布以及部隊感染事故等有關情況和在實驗中使用的病原體腸傷寒菌、副傷寒菌、赤痢菌、霍亂菌、鼠疫菌、炭疽菌、馬鼻疽菌、破傷風菌等，以及在炸彈的野外實驗中，使用了靈菌和炭疽菌兩種等情況。另外，還供認在炭疽菌的研究中，兩年內共使用了100匹馬、500只羊。他初次供稱，平房的研究費，1944年度為600萬日元；部隊人員數1939-1940年期間，最大規模時多達3000人，1945年部隊崩潰之前為1500人。這樣，於11月1日提出了“桑德斯報告”。

“桑德斯報告”總結了上述兩個月審訊的情況。報告說，細菌戰的中心機關設於平房，最多時擁有3000名部隊人員，其重點放在制造實戰用的細菌武器，研究過8種特殊炸彈，尤其徹底研究了“宇治”型炸彈，曾在野外進行過2000多枚的實驗。但是，在這裏沒有交代在安達進行野外活體實驗的事實；同時，報告的“結論”中認為，日本細菌戰計劃未能制造出實用武器，而且還指出，即使手中掌握了細菌、化學武器，但由於擔心美國用細菌、化學武器進行報復，所以，沒有用於攻擊（作戰）。

桑德斯生病回國以後，盟軍總司令部查到了潛伏在千葉縣的石井四郎，把他帶到東京。1945年底至1946年初，石井和盟軍總司令部之間進行交易（所謂“鐮倉會議”），以換取細菌戰情報為條件，盟軍司令部免除731部隊有關人員的戰犯罪責。關於這件事，石井本人曾向若幹人說過。免除戰犯罪責一事，早在1945年秋麥克阿瑟、威洛比和桑德斯三人就巳做出決定。桑德斯在接受記者采訪，回答“你是否知道免除戰犯罪責的交易”的提問時說：“是的，那是1945年秋天，我和盟軍總司令部的上司威洛比少將進行商談之後，兩人一起來到了總司令辦公室。我們坐在麥克阿瑟兩旁。我清楚地記得當時交談的內容。威洛比說，如果不保證不追究他們的戰犯責任，就不能順利地查明731部隊的情況，是否可以由桑德斯中校出面做出這一保證呢？麥克阿瑟回答說：‘可以這樣做。’威洛比問：‘桑德斯中校可以說是您的意思嗎？’麥克阿瑟（默不作聲地點了點頭）。”為了接辦桑德斯的調查工作，底特律克堡的阿沃·湯普森來到日本。他從1946年1月11日起至3月11日為止，進行了兩個月的調查。這就是第二次調查。湯普森的調查，瞄準在石井的審訊上。對石井的第一次審訊是1946年1月17日在東京進行的，直到2月25日，期間斷斷續續地進行了審訊。1月9日，另一個部隊長北野政次獨身從上海乘美國飛機回國後，對他每周進行一次審訊。對石井的審訊，作為“關於日本細菌戰活動的報告”，於1946年5月31日提交給化學戰部隊長。這個“湯普森報告”收錄在本書第三章和資料一中，已有詳細說明，在這裏予以省略。但是，石井四郎和北野政次都不僅隱瞞了進行活體實驗的事實，而且有關731部隊的其他情況，也作了謹慎的供述，使之不超越“桑德斯報告”的內容。這一點有必要加以注意。

對731部隊進行活體實驗的調查，是以1947年初蘇聯要求允許審訊原部隊人員開始的。國際檢察局1947年1月7日打電話給盟軍總司令部第二參謀部說，蘇聯代表要求批準他們在遠東國際軍事法庭上進行關於細菌戰的審訊。過了兩天，烏西裏耶夫（蘇聯副檢察官）發出了致威洛比（第二參謀部）的“備忘錄”。這份備忘錄說，731部隊進行細菌研究，其實驗的結果殺害了許多人。為了就這一問題提供證詞，希望審訊石井四郎、菊池齊（第一部細菌研究部部長）、太田澄（第二部實戰研究部部長）等三人。1月15日9時起，在東京陸軍省召開了包括來自美國和蘇聯和翻譯在內的7人會議。在會上，蘇聯斯米洛諾夫內容充實的說明，使美方驚嘆不已。他說在平房的731部隊中，進行過細菌戰的大規模實驗，殺害了2000人，還說在安達有一個野外活體實驗場。這一情報是關押在蘇聯的兩名原731部隊人員提供的。斯米洛諾夫這樣說道：“在平房，他們把人關押在監獄裏。為了提供研究所制造的各種培養菌效力的數據，以各種方法使這些人感染——或者以密封汽車送往安達，把他們捆在木柱上，以種種方法讓他們暴露在從飛機上投炸彈和通過噴霽擴散撒布的細菌之中；為了對犧牲者進行觀察，又把他們帶回平房……日本人殺害了2000名滿洲人和中國人，犯下了不可饒恕的罪行。這些都同石井將軍、菊池大佐和太田大佐有關系。”